Оглавление
Введение
1 Методы извлечения знаний о молекулярных взаимодействиях из фактографических баз данных и электронных текстов научных публикаций
1.1 Знания и онтологии.
1.2 Введение в технологию xii
1.3 Извлечение знаний из фактографичхжих баз данных
1.4 Классификация документов.
1.5 Распознавание имн в текстах.
1.6 Экстрагирование из текстов информации о взаимоотношениях сущностей
1.7 Генерирование гипотез
1.8 Основные выводы по методам извлечения знаний о молекулярных взаимодействиях из фактографических баз данных
и электронных текстов научных публикаций.
1.9 Общее понятие ассоциативной или семантической сеги .
2 Представление и накопление знаний о молекулярных взаимодействиях в виде ассоциативных семантических сетей
2.1 Онтологическая модель
2.2 Методы представления знаний о молекулярных взаимодействиях в виде ассоциативной семантической сети
2.3 Описание типов молекулярногенетических объектов и связей между ними .
2.3.1 Описание типов молекулярногенетических объектов
2.3.2 Описание структуры иерархии типов связей .
2.4 Развитие словарей и тезаурусов в предметной области
2.4.1 Извлечение наименований метаболитов, используемых в базах данных и I.
2.4.2 Извлечение наименований белков, используемых в базе данных i.
2.4.3 Извлечение наименований генов, используемых в базе
данных
2.4.4 Извлечение наименований микроРНК, используемых
в базе данных i
2.4.5 Извлечение наименований заболеваний, используемых
в базе данных
2.4.6 Извлечение наименований клеточных компонент и
биологических процессов, используемых в базах данных и ii .
2.5 Анализ текстовых источников информации с целыо со
ставления словарей для описания знаний о молекулярногенетических объектах и системах.
2.5.1 Расширение синонимов молекулярногенетических
объектов
2.5.2 Извлечение названий новых молекулярно
генетических объектов.
2.6 Разработка алгеритмов извлечения знаний по молекулярным
взаимодействиям из текстов научных публикаций.
2.7 Анализ фактографических баз данных с целыо получения
знаний о физических молекулярногенетических взаимодействиях
2.7.1 Извлечение информации о взаимодействиях молекулярногенетических обьектов из фактографических баз данных
2.7.2 Анализ структуры баз данных I и I
2.7.3 Анализ структуры базы данных .
2.7.4 Анализ базы данных с целью извлечения описаний сетей молекулярногенетических взаимодействий
2.8 Методы анализа ассоциативных сетей знаний с целью получения новых знаний.
2.9 Функциональная схема системы извлечения знаний о молекулярных взаимодействиях в клетке
2. Реляционная модель представления ассоциативных сетей . .
21 Представление молекулярногенетических и биологических объектов в базе знаний ассоциативных сетей .
22 Представление связей между молекулярногенетическими и биологическими объектами в базе знаний ассоциативных сетей.
23 Результаты интеграции данных.
3 Описание возможностей системы
3.1 Описание средств разработки.
3.2 Описание интерфейса и функционала.
3.2.1 Составление запросов к базе данных ассоциативных
3.2.2 Раскладка сети на экране монитора.
3.2.3 Поиск объектов в сети.
3.2.4 Редактирование сети.
3.2.5 Анализ ассоциативных сетей
3.2.6 Сохранение сетей
3.3 Алгоритмы раскладки графа.
3.3.1 Система уравнений для первого алгоритма раскладки
3.3.2 Система уравнений для второго алгоритма раскладки
3.3.3 Решение системы нелинейных уравнений.
3.3.4 Паралельная схема работы алгоритмов
4 Применение разработанной системы для анализа человеческого протеома
4.1 Предсказание влияния мутации на стабильность белков .
4.1.1 Введение.
4.1.2 Кодирование данных для предсказания изменения термодинамической стабильности.
4.1.3 Алгоритм модифицированный КРАБ
4.2 Алгоритм кластеризации графа.
4.3 Построение сети взаимосвязи человеческих белков
Заключение
Литература
- Київ+380960830922