Оглавление
Введение
1 Биологические определения и модели генной экспрессии
1.1 Генная экспрессия в многоклеточных организмах
1.2 Описание системы сегментационных генов в растущем эмбрионе дрозофилы
1.3 Вывод континуальных уравнений
1.4 Генная сеть
1.5 Учет деления ядер в математической модели .
1.6 Уравнения дискретной модели
2 Континуальная модель сети сегментационных генов ИЬ, Кг, д1, кт и еие. Роль клеточной структуры и деления ядер
2.1 Континуальная модель экспрессии сегментационных генов Кг, Л6, д1, кт и еуе в дрозофиле.
2.1.1 Уравнения модели
2.1.2 Получение значений параметров путем решения обратной задачи математического моделирования.
2.1.3 Описание экспериментальных данных
2.1.4 Описание метода минимизации функционала, качества.
2.1.5 Результаты оптимизации
2.1.6 Решение в модели с оптимальными значениями параметров
2.2 Динамическая роль деления ядер.
2.2.1 Эффект сокращения числа аттракторов.
2.2.2 Ограничение от правила деления
2.2.3 Ограничение от динамики в ранних циклах.
3 Дискретная модель сети генов . Исследование механизмов параметрической устойчивости
3.1 Модель с асимптотически устойчивой динамикой для сети генов .
3.1.1 Описание модели
3.1.2 Оптимизация параметров с дополнительным требованием квазистационарности решений иа больших временах.
3.1.3 Обоснование использования предположения о квазистационарности на основе анализа экспериментальных данных.
3.1.4 Результаты моделирования.
3.1.5 Устойчивость к возмущению начальных условии
3.1.6 Устойчивость к возмущению решений в отдельные моменты времени
3.1.7 Устойчивость к возмущению значений параметров
3.2 Устойчивость границ, областей экспрессии при вариации функции
3.2.1 Позиционная вариабельность в эксперименте и в модели.
3.2.2 Упрощающие предположения и аналитические стационарные решения . 9
3.2.3 Уравнения для вариаций границ кинков при вариации ж . .
3.2.4 Вычисление коэффициентов позиционной вариабельности
4 Комбинированный метод решения обратной задачи моделирования
4.1 Анализ упрощенных уравнений
4.2 Контроль начальной стадии эволюции решения типа слоистого паттерна
4.3 Применение к сети генов в дрозофиле.
4.3.1 Получение приближенных значений параметров.
4.3.2 Уточнение значений параметров путем оптимизации методом оптимального наискорейшего спуска
Заключение
Список цитируемой литературы
- Київ+380960830922