СОДЕРЖАНИЕ
СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР КОМПЬЮТЕРНЫХ МЕТОДОВ АНАЛИЗА ГЕНЕТИЧЕСКИХ ТЕКСТОВ
1.1. ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ЮСЛВДрВАТЕЯЬНОСТИ И ИХ СТРУКТУРНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ
1.1.1. Структура последовательностей оснований ДНК.
1.1.2. Организация аминокислотных последовательностей белков
1.2. Магматические методы и алгоритмы поиска периодичности в символьных
1ЮСЛВДОВ АТЕЛЬНОСТЗСХ.
1.2.1. Статистические методы поиска периодичности в си.шолъиых последователъмктях.
1.2.2. Методы поиска периодичности, основанные на преобразовании Фурье
1.2.3. Использование методов динамического программирования для поиска периодичности в генетических текстах.
1.3 Математические алгоритмы для обнаружения дисперсных повторяющихся ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
1.3.1. Статистические методы поиска подобии .между последовательностями.
1.3.2. Задача нахождения оптимального выравнивания. Алгоритмы 5 .
1.3.3. Профильный анализ
1.3.4. Использование нейронных сетей для поиска дисперсных повторяющихся последовательностей
ГЛАВА 2. РАЗРАБОТКА НОВЫХ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ ДЛЯ ПОИСКА ПЕРИОДИЧНОСТИ И ДИСПЕРСНЫХ ПОВТОРОВ В СИМВОЛЬНЫХ
ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ
2.1. Постановка задачи
2.2. ИФОРМАДОННЫЙ КРИТЕРИЙIЮДОБИЯ СИМВОЛЬНЫХ 1 ЮСЛЕДОвАТЕЛЫЮСТЕЙ.
2.2.1. Расширенное подобие символьных последовательностей.
2.2.2. Использование метода МонтеКарло для оценки статистической значимости в условиях малой выборки
2.2.3. Особенности программной реализации алгоритма поиска расширенного подобия символьных последовательностей
2.3. Информационное разложение символьных гкхледовательностей.
2.3.1. Скрытая периодичность символьных последовательностей.
2.3.2. Преимущества информационного перед другими математическими методами поиска
периостчности.
2. 3.3. Оценка распознавательной способности метода информационного разложения для поиска скрытой периодичноспт
2.4. Алгоритм поиска скрытой периодичности в аминокислотных последовательностях белков.
2.5. ИССЛЕДОВАНИЕ ТРИПЛЕГНОЙ ПЕРИОДИЧНОСТИ В ПОСЛДДОВАТЕЛЬНОСТЯХ ОСНОВАНИЙ ДНК
2.5.1. Метод поиска тритетной периодичности.
2.5.2. Классификация типов тритетной периодичности
2 .6. Ист ПОЛЬЗОВАНИИ МЕТОДА ДИНАМИЧЕСКОГО ИРОГРАММИРОЗ АЛИЯ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ СИЛЫЮДИВЕРГИРОВАННЫХ III.
ГЛАВА 3. ПРИМЕНЕНИЕ РАЗРАБОТАННЫХ МЕТОДОВ К АНАЛИЗУ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
3.1. ИЗУЧЕНИЕ СКРЫТОЙ ПЕРИОДИЧНОСТИ АМИНОКИСЛОТНЫХ ЮСЛЕДОВАТЕТЬНОСТЕЙ.
3.1.1. Поиск скрытой периодичности в аминокислотных последовательностях банка данных 1.
3.1.2. Изучение пространственных структур и свойств белков, обладающих скрытой периодичностью.
3.2. Триплетная периодичность в последовательностях оснований ДНК бактерий
3.2.1. Поиск триплет ной периодичности в геномах бактерий.
3.2.2. Классификация типов тритетной периодичности бактериальных геномов.
3.3. IПОВТОРЫ В ГЕНОМАХ РАЗЛИЧНЫХ ВИДОВ.
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ ПОЛУЧЕННЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ.
4. . Перспективы использования метода, информациицюгоразложения ия исследования
ПЕРИОДИЧНОСТИ БЕЛКОВ
4.2 Функциональное значение скрытой шриодичности в аминокислотных последовательностях белков
4.3. ВОЗМОЖНОСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ МЕТОДА ПОИСКА ТРИПЛЕТНОЙ ПЕРИОДИЧНОСТИ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ МЕСТОПОЛОЖЕНИЯ ГЕНОВ
4.4. Биологический смысл классификации типов триплетной периодичности.
4.5. Сравнение метода поиска сильнодивкргировавших повторов с другими методами поиска повторяющихся последовательностей.
4.6. Установление эволюционной связи между различными видами при исследовании семейств ПОВТОРОВ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ИСТОЧНИКОВ
- Київ+380960830922