Использование смешанной атомной модели для улучшения наборов фаз структурных факторов при рентгеноструктурном исследовании макромолекул

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА I. МЕТОДЫ УЛУЧШЕНИЯ НАБОРОВ ФАЗ СТРУКТУРНЫХ ФАКТОРОВ ПРИ ИССЛЕДОВАНИИ МАКРОМОЛЕКУЛ Литературный обзор . II
1.1. Проблема улучшения наборов фаз в белковой кристаллографии . II
1.2. Уравнения Сэйра, их аналоги и следствия .
1.3. Метод модификации функции распределения
электронной плотности .
1.4. Неотрицательность функции распределения электронной плотности. Принцип максимума определителя
1.5. Использование геометрической информации .
1.6. Использование моделей молекулы
1.7. Комбинирование дополнительной информации различных типов
1.8. Сравнение методов улучшения наборов фаз структурных факторов для макромолекул .
ГЛАВА 2. УЛУЧШЕНИЕ НАБОРОВ ФАЗ СТРУКТУРНЫХ ФАКТОРОВ ПУТЕМ ПОСТРОЕНИЯ И МОДИФИКАЦИИ ГРУБОЙ ЛИБО СМЕШАННОЙ АТОМНОЙ МОДЕЛИ.
2.1. Общее описание метода
2.2. Построение грубой модели
2.3. Модификация грубой модели
2.4. Частичная реконструкция грубой модели
2.5. Построение заключительного синтеза
2.6. Анализ качества полученных данных .
2.7. Использование дополнительной информации .
2.8. Использование смешанной атомной модели
2.9. Программное обеспечение .
ГЛАВА 3. ПРОВЕРКА МЕТОДА НА МОДЕЛЬНЫХ ДАННЫХ ИЗ
3.1. Общая организация численных экспериментов .
3.2. Численный эксперимент по расширению набора
3.3. Численный эксперимент по уточнению значений
ГЛАВА 4. УЛУЧШЕНИЕ НАБОРА ФАЗ ДЕЯ КРИСТАЛЛИНА ШЬ
С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГРУБОЙ АТОМНОЙ МОДЕЛИ.
4.1. Общая характеристика кристаллика ШЬ
4.2. Построение грубой модели .
4.3. Модификация грубой модели
4.4. Анализ качества наборов фаз
4.5. Построение и анализ заключительного синтеза 0 ГЛАВА 5. УТОЧНЕНИЕ НАБОРА ФАЗ ДЛЯ КРИСТАЛЛИНА ШЬ
С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ СМЕШАННОЙ АТОМНОЙ МОДЕЛИ .
5.1. Описание частичной модели
5.2. Уточнение частичной модели.
5.3. Использование смешанной атомной модели
5.4. Результат первого этапа улучшения набора
фаз с помощью смешанной атомной модели
5.5. Использование смешанной атомной модели для улучшения набора фаз второй этап
5.6. Эффективность методики для улучшения фаз структурных факторов кристаллика ШЬ
ГЛАВА 6. УЛУЧШЕНИЕ НАБОРА ФАЗ СТРУКТУРНЫХ ФАКТОРОВ
ДЛЯ АСПАРТАТАМИНОТРАНСФЕРАЗЫ
6.1. Общие сведения об аспартатаминотрансферазе
6.2. Построение грубой модели
6.3. Модификация грубой модели
6.4. Использование разностных синтезов
6.5. Построение и анализ заключительного синтеза
ВЫВОДЫ .
ЛИТЕРАТУРА