Конформационные переходы в белках и полипептидах

Оглавление
Введение
1 Теоретические Ме тоды
1.1 Уравнение Шредингсра.
1.2 Приближение БорнаОппенгеймера.
1.3 Ограничения на волновую функцию .
1.4 Теория ХартиФока.
1.5 Теория Функционала Плотности
1.6 Потенциал молекулярной механики
1.7 Молекулярная динамика
2 Степени свободы в полипептидах и белках
2.1 Введение.
2.2 Конформационные свойства полипептидов аланина
2.2.1 Определение крутильных степеней свободы полипептида . .
2.2.2 Оптимизированные геометрии полипептидов аланина
2.2.3 Зависимость энергии полипептида от двугранного угла и . .
2.2.4 Поверхность потенциальной энергии трипеитида аланина . .
2.2.5 Поверхность потенциальной энергии гексапептида аланина в конформации листа.
2.2.6 Поверхность потенциальной энергии гексапсптида аланина в конформации спирали
2.2.7 Сравнение результатов расчета с экспериментальными данными
2.3 Конформационные переходы в три и гексапептидах глицина
2.3.1 Оптимизированные геометрии полипептидов глицина
2.3.2 Поверхность потенциальной энергии трипептида глицина . .
2.3.3 Поверхность потенциальной энергии гексапептида глицина в конформации листа
2.3.4 Поверхность потенциальной энергии гексапептида глицина в конформации спирали
2.3.5 Сравнение результатов расчега с экспериментальными данными
3 Статистическая модель
3.1 Гамильтониан полипептидной цепи.
3.2 Статистическая сумма .
3.3 Термодинамические характеристики полипептида
4 Фазовые переходы в полипептидах
4.1 Точность потенциала молекулярной механики.
4.2 Поверхность потенциальной энергии полипептидов аланина
4.3 Фазовый переход аспиральстатистический клубок в полипептидах аланина.
4.3.1 Внутренняя энергия полипептида.
4.3.2 Теплоемкость полипептидов аланина
4.3.3 Расчет параметров ЦиммаБрагга . . .
4.3.4 Спиральность полипептидов аланина
4.3.5 Корреляции разных аминокислот в полипептиде
5 Сворачивание полипептидов и белков в водной среде
5.1 Введение.
5.2 Теоретические методы.
5.2.1 Огатсумма белка
5.2.2 Статистическая сумма белка в водной среде
5.3 Результаты и дискуссия.
5.3.1 Теплоемкость стафилококковой нуклеазы
5.3.2 Теплоемкость метмиоглобина
Заключение
Публикации автора по теме диссертации
Список литературы