Методы и средства реконструкции сетевых моделей сложных биологических систем

Содержание
Содержание
Введение
Глава 1. Обзор предметной области, существующих подходов и программных средств
1.1. Понятие сетевой модели
1.2. Проблематика применения методов сетевого моделирования
1.3. Области применения сетевых моделей
1.4. Общая схема реконструкции и анализа сетевых моделей сложных систем
1.5. Понятие и проблематика генных сетей.
1.6. Понятие и проблематика экологических сетей
1.7. Обзор программных средств реконструкции сетевых моделей.
1.7.1. Общая характеристика существующих программных средств.
1.7.2. Обзор системы .
1.7.3. Анализ методов и средств интеграции биологических данных
Глава 2. Анализ требований.
2.1. Краткая формулировка основных требований и ограничений
2.2. Представление данных
2.2.1. Семантика онтологий и мстамодсли
2.2.2. Функциональность мстамодсли.
2.3. Интеграция внешних информационных ресурсов
2.4. Представление сетевых моделей.
2.5. Визуальная реконструкция сетевых моделей
2.6. Расширяемость и адаптивность
2.7. Контроль доступа к данным.
Глава 3. Архитектура и реализация
3.1. Анализ способов реализации требований.
3.1.1. Способы реализации мстамодсли.
3.1.2. Прототипная реализация метамодели.
3.1.3. Прототип подсистемы интеграции данных.
3.1.4. Оптимизация производительности подсистемы интеграции данных.
3.1.5. Выбор технологической базы для визуального редактирования сетевых моделей .
3.2. Общая архитектура системы.
3.3. Метамодсль.
3.3.1. Структура основной метамодели.
3.3.2. Метамодель для представления сетей.
3.4. Реализация требований.
3.4.1. Методика интеграции данных
3.4.2. Транзакционные операции и удаленный программный интерфейс
3.4.3. Контроль доступа к данным.
3.5. Язык запросов.
3.6. Программная реализация
3.6.1. Подсистема .
3.6.2. Подсистема
3.6.3. Редактор онтологий
Глава 4. Практическое использование
4.1. Объединение баз данных в област и молекулярногенетических систем.
4.1.1. Постановка задачи.
4.1.2. Онтология.
4.1.3. Заключение
4.2. Визуальная реконструкция генных сетей.
4.3. Прраммная среда для моделирования эволюции популяций одноклеточных, организмов
4.4. Задачи сетевого моделирования экосистем.
Заключение.
Литература